RESUMO
Abstract The rocketing number of COVID-19 cases highlighted the critical role that diagnostic tests play in medical and public health decision-making to contain and mitigate the SARS-CoV-2 pandemic. This study reports the evaluation and implementation of different tests for the molecular detection of SARS-CoV-2 in the central region of Argentina. We evaluated 3 real time RT-PCR kits (GeneFinder COVID-19 Plus RealAmp Kit, DisCoVery SARS-CoV-2 RT-PCR Detection Kit and WGene SARS-CoV-2 RT Detection), 2 nucleic acid extraction methods [MagaBio plus Virus DNA/RNA Purification Kit II (BioFlux), 35-min vs. 9-min, a pre-analytical reagent (FlashPrep®) and 2 isothermal amplification tests (Neokit Plus and ELA CHEMSTRIP®). The order according to the best performance of the 3 real-time RT-PCR kits evaluated was: DisCoVery > GeneFinderTM> WGene. The 2 RNA extraction methods showed similar good results: MagaBio plus Virus RNA Purification Kit II (BioFlux) 9-min was selected due to its faster performance. FlashPrep® reagent showed excellent results to perform direct RNA detection. Isothermal amplification assays showed acceptable sensitivity and specificity values (>80%), except in samples with Ct> 30. Our data show optimal real time RT-PCR kits and alternative molecular methods for SARS-CoV-2 diagnostic. These alternative assays proved to be aceptable.
Resumen La explosión de casos de COVID-19 resaltó el papel fundamental que desempeñan las pruebas de diagnóstico en la toma de decisiones médicas y de salud pública para contener y mitigar la pandemia de SARS-CoV-2. Este estudio reporta la evaluación y la implementación de diferentes test para la detección molecular de SARS-CoV-2 en la región central de Argentina. Evaluamos tres kits de RT-PCR en tiempo real (GeneFinder COVID-19 Plus RealAmp Kit, DisCoVery SARS-CoV-2 RT-PCR Detection Kit y WGene SARS-CoV-2 RT Detection), dos métodos de extracción de ácidos nucleicos (MagaBio plus Virus DNA/RNA Purification Kit II [BioFlux, 35-min vs. 9-min), un reactivo pre-analítico (FlashPrep®) y dos test de amplificación isotérmica (Neokit Plus and ELA CHEMSTRIP®). El orden de rendimiento de los tres kits de RT-PCR en tiempo real evaluados fue el siguiente: DisCoVery GeneFinder™ WGene. Los dos métodos de extracción de RNA mostraron buenos y similares resultados; se seleccionó MagaBio plus Virus RNA Purification Kit II (BioFlux) 9-min debido a su rápido tiempo de procesamiento. El reactivo FlashPrep® mostró excelentes resultados para realizar detección directa de RNA. Los ensayos de amplificación isotérmica mostraron valores de sensibilidad y de especificidad aceptables (80%), excepto en muestras con Ct 30. Nuestros resultados muestran kits de RT-PCR en tiempo real óptimos, como así también métodos moleculares alternativos para el diagnóstico de SARS-CoV-2 que resultan aceptables para su uso en contextos adversos, de descentralización y en diferentes escenarios epidemiológicos, para la detección rápida y precisa del SARS-CoV-2.
RESUMO
The rocketing number of COVID-19 cases highlighted the critical role that diagnostic tests play in medical and public health decision-making to contain and mitigate the SARS-CoV-2 pandemic. This study reports the evaluation and implementation of different tests for the molecular detection of SARS-CoV-2 in the central region of Argentina. We evaluated 3 real time RT-PCR kits (GeneFinder COVID-19 Plus RealAmp Kit, DisCoVery SARS-CoV-2 RT-PCR Detection Kit and WGene SARS-CoV-2 RT Detection), 2 nucleic acid extraction methods [MagaBio plus Virus DNA/RNA Purification Kit II (BioFlux), 35-min vs. 9-min], a pre-analytical reagent (FlashPrep®) and 2 isothermal amplification tests (Neokit Plus and ELA CHEMSTRIP®). The order according to the best performance of the 3 real-time RT-PCR kits evaluated was: DisCoVery>GeneFinderTM>WGene. The 2 RNA extraction methods showed similar good results: MagaBio plus Virus RNA Purification Kit II (BioFlux) 9-min was selected due to its faster performance. FlashPrep® reagent showed excellent results to perform direct RNA detection. Isothermal amplification assays showed acceptable sensitivity and specificity values (>80%), except in samples with Ct>30. Our data show optimal real time RT-PCR kits and alternative molecular methods for SARS-CoV-2 diagnostic. These alternative assays proved to be acceptable for their use in adverse contexts, decentralization, and different epidemiological scenarios, for rapid and accurate SARS-CoV-2 detection.
Assuntos
COVID-19 , SARS-CoV-2 , Humanos , SARS-CoV-2/genética , COVID-19/diagnóstico , Argentina , Sensibilidade e Especificidade , RNA Viral/genética , RNA Viral/análise , Política , Técnicas de Diagnóstico Molecular/métodos , Teste para COVID-19RESUMO
INTRODUCCIÓN El análisis genómico del virus de la hepatitis B (HBV) identifica variantes genotípicas que pueden conducir a comportamientos biológicos y clínicos diferentes. Además, dicho análisis ha demostrado que existen mutantes en la población viral total, incluso antes del inicio de la terapia antiviral, que pueden influir en el diagnóstico, la respuesta a la vacuna y a los tratamientos antivirales. OBJETIVO Caracterizar genéticamente al HBV y detectar variantes asociadas a resistencia a antivirales en la provincia de Córdoba, Argentina en el período 2010-2015. MÉTODOS Se analizaron 217 muestras de pacientes monoinfectados con HBV (68 agudos y 82 crónicos) y coinfectados HBV/HIV (11 agudos y 56 crónicos) por secuenciación de una región del gen S y del promotor basal core y precore para determinar genotipo, subtipo y mutantes. RESULTADOS La distribución de subgenotipos (sgt) fue; pacientes agudos HBV; F1b (72,0%), A2 (13,2%), F4 (7,3%), F (3,0%), C (3,0%), A1 (1,5%) y agudos HBV/HIV: F1b (72,7%), A2 (18,2%), F4 (9,1%). Pacientes crónicos HBV; F1b (32,9%), F4 (22,0%), A2 (14,6%), D (13,4%), F6 (3,7), C (2,4%). Los sgt A1, A3 y B3 se observaron en el 1,2% de los casos. En pacientes crónicos HBV/HIV; F1b (46,4%), A2 (35,7%), F4 (10,7%), C (5,4%), D (1,8%). El estudio detallado de las secuencias mostró la presencia de 17 secuencias mutantes de relevancia clínica en la región codificante S asociadas con fallas en el diagnóstico, hepatitis B oculta y/o variantes de escape y 6 secuencias mutantes asociadas a resistencia a antivirales. DISCUSIÓN El estudio muestra evidencias actuales de la alta circulación de sgt F1b en pacientes adultos, lo cual posee implicancias clínico epidemiológicas relevantes debido a su menor capacidad de seroconversión y por tanto su potencial capacidad de provocar casos crónicos adversos. El hallazgo de cepas mutantes plantea la necesidad de una vigilancia temporal planificada a fin de detectar precozmente la aparición de nuevas variantes
